Cũng tương tự như cách làm bánh trôi nước cổ truyền, cũng có thể sử dụng thêm hành khô phi thơm và nấm mèo để kết hợp với đậu xanh làm nhân bánh trôi thêm thơm bùi và hấp dẫn.
Bột nếp lọc chia ra làm 3 phần cho vào 3 cái tô để pha 3 màu. Nhào thật kĩ để bột thật mịn, không bị dính là được. Để bột nghỉ trong vòng 30 phút. Màu vàng: lấy bột nghệ hòa tan với 50ml nước ấm rồi đổ vào bột nếp lọc, nhào bột đều thành 1 khối màu vàng. Màu xanh lá cây: Lấy siro sâm dứa hòa tan với 50ml nước ấm rồi cho vào bột, nhào bột thành một khối màu xanh. Màu trắng: dùng 50ml nước ấm cho vào bột, nhào bột thành một khối màu trắng.
Đậu xanh vo sạch cho vào nồi hấp chín, sau đó dùng chày tán nhuyễn mịn. Nấm mèo ngâm nở, rửa sạch, thái nhỏ. Hành tím thái lát rồi phi thơm.
Cho nấm mèo, hành phi vào cùng đậu xanh và tí muối, đường, trộn đều lên thành nhân đậu xanh mằn mặn, ngọt ngọt. Sau đó vo đậu xanh thành những viên tròn nhỏ làm nhân chè.
Ngắt từng lượng bột nhỏ cho vào lòng bàn tay, dàn đều ra rồi cho viên nhân đậu xanh vào giữa. Sau đó nhẹ nhàng vo viên bánh lại sao cho bột bao bọc kín lấy phần nhân đậu xanh.
Chuẩn bị sẵn 2 nồi nước: 1 nồi nước đun sôi và 1 nồi nước sôi đã để nguội. Thả nhẹ nhàng từng viên bánh vào nồi nước sôi, đun lửa vừa đến khi nào thấy bánh nổi lên trên mặt nước thì vớt bánh ra và cho ngay vào nồi nước sôi đã để nguội giúp định hình bánh và chống bánh dính vào nhau. Lấy từng bánh chấm vào mè hoặc đậu phộng rang giã nhuyễn tùy thích.
Nấu đường với nước lọc theo lượng nước và độ ngọt tùy khẩu vị, cho gừng cắt sợi vào. Sau đó, cho nước đường vào bánh nấu sôi thêm 5 phút nữa là được.
Múc bánh và nước đường ra bát, cho thêm đậu phộng rang hoặc mè rang vào là sản phẩm đã hoàn thành. Chè trôi nước có thể dùng ngay khi còn nóng hoặc để nguội và bảo quản trong tủ lạnh khoảng 2 giờ đồng hồ rồi thưởng thức.